Fakultu riadi dekan, ktorého vymenúva na štvorročné funkčné obdobie a odvoláva rektor. Riadi ju,  a zastupuje ju navonok. Za svoju činnosť zodpovedá akademickému senátu fakulty.

Dekana zastupujú prodekani, tajomník a iné osoby v rozsahu stanovenom osobitným rozhodnutím dekana alebo vnútorným predpisom UCM.  Spôsob vPrávne postavenie, zákonné vymedzenie kompetencií a pôsobnosť dekana sú upravené príslušnými ustanoveniami zákona o VŠ a Štatútu UCM, Štatútu UCM a Štatút Filozofickej fakulty UCM.

Dekan zodpovedá rektorovi UCM za svoju činnosť vo veciach, v ktorých koná v mene UCM, za hospodárenie fakulty a za svoju ďalšiu činnosť v rozsahu určenom osobitnými vnútornými predpismi UCM.